Hay que hacer la distincion, una cosa es que sean ninjas "conceptuales", en ese sentido muchos personajes en MK son ninjas, pero esto aplica solo al diseño, argumentalmente un lin kuei no es un ninja, esto queda muy claro en la historia del juego.
Los ninjas son guerreros que practican el arte del ninjitsu, son expertos en tecnicas de sigilo y asesinato, y tiene un uso limitado de la magia, los ninjas funcionan en clanes, todos diferentes pero conectados como una red, da la casualidad de que el primer clan de ninjas, el shirai-ryu fue fundado por un hombre llamado takeda, el cual era un desertor del lin kuei quien robo las enseñanzas del clan y asi fundo los cimientos de los ninjas.
Recordemos que el lin kuei se conforma de personas que tienen poderes especiales, y que estan entrenados en tecnicas de kombate y asesinato, los ninjas no tienen poderes especiales, tienen las tecnicas de los lin kuei y un uso limitado de magia nada mas, asi que en escencia, los ninjas estan basados en los lin kuei, es por eso que los lin kuei no son ninjas, tecnicamente son superiores a los ninjas.
ninjas asesinos
No puedo evitar este chiste, pero esa oracion es redundante, decir ninja asesino es como decir comida cena.
Volviendo al tema:
Lin Kuei - Clan de asesinos entrenados en diversas tecnicas de combate y asesinato, que ademas tienen algun tipo de poder especial (lease sub-zero y smoke).
Ninjas - Humanos entrenados en combate, asesinatos y con un uso limitado de magia, existen muchos clanes ninja que trabajan en conjunto, a diferencia del lin kuei que es una sola organizacion.
La relacion entre los 2 es como con el red y black dragon, el primero es un clan estricto y con metas definidas, el segundo fue fundado por desertores del primero, utiliza algunos de los conceptos de la primera, pero funciona con sus propias metas y de forma menos organizada, obviamente una de las metas del primero es la destruccion del segundo.
En si, el unico ninja que existe en MK es scorpion, y eso que esta muerto, los demas solo tienen diseños de ninja, pero no son ninjas, ese es un concepto terrestre basado en el Lin Kuei.