Entrando en materia, la historia es la misma en sus puntos básicos que Mortal Kombat I, es decir, la del décimo torneo del Outworld contra la Tierra que decidiría todo y en la que se conocen nuestros héroes. Pero con un pequeño matiz, Scorpion es ahora la fuerza de la venganza que desequilibra la balanza. Tenemos a Liu Kang como el elegido por Raiden, a Sonya Blade y Johnny Cage como secundarios de lujo, pero en esta nueva iteración de la historia, sin Scorpion nuestros héroes no lograrían prevalecer frente al Outworld.
Quizá este punto no sea del todo comprendido por algún sector de los fans. Lo podemos ejemplificar rápidamente con estas preguntas: ¿qué personaje es el más reconocido y admirado de toda la franquicia? Una encuesta reveló que Scorpion seguido por… (¿lo adivináis?) Sub-Zero. ¿Qué personaje ha estado en la portada de los últimos 3 videojuegos de la saga (MK, MKX y MK11)? Ya vamos entendiendo por donde voy, ¿verdad?
Esto es, de manera escueta, lo que sucede en la película:
Comenzamos con Hanzo Hasashi (Scorpion) muriendo cruelmente junto a su familia y clan a manos de Sub-Zero y los Lin Kuei.
Liu Kang, Sonya y Johnny Cage son invitados al torneo por designio de Raiden.
Hanzo despierta en el NetherRealm (Infierno) donde un demonio Oni (¿Moloch?) se prepara para torturarle. Hanzo se libra de sus ataduras y acaba con todas las criaturas del reino demoníaco que se presentan en su camino.
Tras ello, encuentra al hechicero Quan Chi, regente del NetherRealm en ausencia del dios Shinnok, su gobernante. Quan Chi le ofrece devolver a su familia a la vida si participa en el torneo Mortal Kombat y recupera una llave que liberaría a Shinnok, situada en la isla de Shang Tsung. Hanzo acepta para enfrentarse a Sub-Zero en el torneo y comienza a ser Scorpion, un ser movido por la ira y la venganza con poderes del inframundo.
Raiden acompaña en barco a Liu Kang, Sonya Blade y Johnny Cage a la isla de Shang Tsung y que pueden acceder a ella porque temporalmente «el velo» es levantado. Les cuenta que hay un torneo en que la Tierra se defiende de la invasión de otro reino llamado Outworld. Johnny Cage cree que todo es parte de una película y que debe ir improvisando.
Ya en la isla, Shang Tsung, anfitrión del torneo, cuenta a los participantes que los Antiguos Dioses idearon el torneo «Mortal Kombat» para que un reino pudiera repeler la invasión de otros reinos y defenderse. Vemos una representación de los Elder Gods muy interesante:
Nitara hace un cameo y podemos verla en varias escenas:
Y mientras Shang Tsung cuenta todo esto, vemos flashbacks del Gran Kung Lao peleando con un jóven Shang Tsung (con estética de MK3).
Antes de que comiencen los combates oficiales del torneo, se descubre que Jax Briggs, jefe de Sonya Blade, ha sido capturado y es obligado a pelear contra Goro, campeón del Outworld.
Hace lo que puede, pero pierde la pelea y sus dos brazos. Aquí percibí cierto homenaje a la pelea de la primera película de Art Lean contra Goro, en la que Cage le decía «baila con él», ya que Jax dice al comienzo «bailemos».
Raiden interviene, cerrando las heridas de Jax y salvando su vida.
Comienza el torneo con la pelea / persecución de Johnny Cage contra Baraka, en la que explota una de las torres de la fortaleza de Shang Tsung y sepulta al Tarkatano.
Sonya Blade se enfrenta a Reptile y le vence, rematándole con un Fatality.
Después, Liu Kang y Kitana pelean de una manera muy similar al de la película de 1995 ya la de MK9 (2011). Kitana se fija en que Liu Kang no es alguien corriente y decide no seguir su pelea.
Scorpion busca consumar su venganza contra Sub-Zero en el torneo. Se enfrentan en Mortal Kombat.
Tras un duro combate contra Bi-Han, Scorpion se lanza al vacío con Sub-Zero y acaban empalados en el fondo del abismo (The Pit).
Quan Chi aparece y se regodea de la muerte de Scorpion, confesando que se hizo pasar por Sub-Zero para masacrar al clan y familia de Scopion, para que este tuviera un motivo para participar en el torneo y robar la llave que liberaría a Shinnok.
Johnny Cage y Sonya Blade unen fuerzas para liberar a Jax de Kano, teniendo que derrotar a múltiples monstruosidades de los calabozos de Shang Tsung. Finalmente Jax, pisa la cabeza de Kano, destrozándolo.
Liu Kang y Goro combaten, pero el combate no va bien para el elegido de Raiden. En el último momento, Scorpion, quien se liberó de la trampa mortal en que había caído, atraviesa a Goro con su lanza.
Shang Tsung escapa por un portal hacia el Outworld y la isla empieza a destruirse, ya que sin el hechicero no puede mantenerse viva. Scorpion quiere consumar su venganza destruyendo a Quan Chi, artífice de todo su sufrimiento.
Scorpion logra su venganza, acabando con Quan Chi.
Los héroes se van en el barco. Raiden revela a Liu Kang que su destino no era derrotar a Goro en Mortal Kombat, sino librar a la Tierra de Shao Kahn.
Shao Kahn, furioso por la derrota de Shang Tsung, promete hacer pagar a la Tierra (continuará en una futura película, compren esta legalmente para que Warner Bros la haga).